Ο Ιωνάς, φοβούμενος τη σκληρότητα των Ασσυρίων αλλά και δυσανασχετώντας με την ιδέα ότι ένας αλλόθρησκος λαός θα μπορούσε να σωθεί, προσπάθησε να ξεφύγει από το θείο πρόσταγμα. Επιβιβάστηκε σε ένα πλοίο με προορισμό τη Θαρσείς.
Κατά τη διάρκεια του ταξιδιού, ξέσπασε μια σφοδρή θαλασσοταραχή που απειλούσε να καταστρέψει το πλοίο. Οι ναύτες, αντιλαμβανόμενοι ότι η καταιγίδα ήταν θεϊκή οργή, έριξαν κλήρους για να βρουν τον αίτιο. Ο κλήρος έπεσε στον Ιωνά, ο οποίος ομολόγησε το σφάλμα του και ζήτησε να τον ρίξουν στη θάλασσα για να σωθούν οι υπόλοιποι.
Μόλις ο Ιωνάς βρέθηκε στα κύματα, η θάλασσα ηρέμησε. Ένα μεγάλο κήτος τον κατάπιε, και ο προφήτης παρέμεινε στην κοιλιά του για τρεις ημέρες και τρεις νύχτες. Εκεί, μέσα στο σκότος, ο Ιωνάς προσευχήθηκε με συντριβή και ειλικρινή μετάνοια, με αποτέλεσμα το κήτος να τον ξεράσει στη στεριά.
Ελεύθερος πλέον, ο Ιωνάς υπάκουσε στο θείο θέλημα και βάδισε προς τη Νινευή. Διακήρυξε στους κατοίκους ότι σε σαράντα ημέρες η πόλη θα καταστρεφόταν εξαιτίας των αμαρτιών τους. Η αντίδραση των Νινευιτών ήταν άμεση και καθολική: από τον βασιλιά μέχρι τον πιο απλό πολίτη, όλοι ντύθηκαν με σάκους, νήστεψαν και προσευχήθηκαν θερμά για συγχώρηση. Βλέποντας την ειλικρινή τους μετάνοια, ο Θεός ανακάλεσε την τιμωρία και έσωσε την πόλη.
Ο Ιωνάς, αντί να χαρεί για τη σωτηρία των ανθρώπων, πικράθηκε, θεωρώντας ότι το κήρυγμά του διαψεύστηκε. Καθισμένος έξω από την πόλη, βρήκε σκιά κάτω από φυτό κολοκυθιάς που φύτρωσε ξαφνικά. Όταν την επόμενη ημέρα το φυτό ξεράθηκε από έναν σκώληκα, ο Ιωνάς λυπήθηκε βαθιά.
Tότε ο Θεός του έδωσε το τελικό δίδαγμα: Αν ο Ιωνάς λυπήθηκε για ένα φυτό που δεν φύτεψε και δεν κοπίασε να μεγαλώσει, πόσο περισσότερο ο Θεός θα εσπλαχνιζόταν μια μεγάλη πόλη με δεκάδες χιλιάδες ανθρώπους και ζώα;
Η τριήμερη παραμονή στο κήτος θεωρείται στον Χριστιανισμό ως προτύπωση της Τριήμερης Ταφής και της Ανάστασης του Χριστού.
Η σωτηρία της Νινευή υπογραμμίζει ότι η μετάνοια μπορεί να αλλάξει την πεπρωμένη πορεία του ανθρώπου.