Κι όμως, μέσα από τη μυστικότητα, την οργάνωση και το όραμα τριών αφοσιωμένων ανθρώπων, δημιουργήθηκε η κινητήριος δύναμη που άλλαξε την πορεία της ελληνικής ιστορίας: η Φιλική Εταιρεία.
Το 1814, στην Οδησσό της Ρωσίας (σημερινή Ουκρανία), τρεις Έλληνες της διασποράς συναντήθηκαν με ένα κοινό όραμα. Ο Εμμανουήλ Ξάνθος, ο Νικόλαος Σκουφάς και ο Αθανάσιος Τσακάλωφ συνέλαβαν το τολμηρό σχέδιο για τη δημιουργία μιας μυστικής οργάνωσης που θα προετοίμαζε συστηματικά τον ξεσηκωμό του Γένους.
Για να προστατευθεί από τις οθωμανικές αρχές αλλά και τις ξένες μυστικές υπηρεσίες, η Εταιρεία βασίστηκε σε αυστηρά πρότυπα μυστικότητας. Τα μέλη επικοινωνούσαν με ειδικά σύμβολα, ψευδώνυμα και συνθηματικές λέξεις. Τα μέλη χωρίζονταν σε βαθμούς (Βλάμηδες, Συστημένοι, Ιερείς, Ποιμένες κ.ά.). Κάθε βαθμός είχε πρόσβαση σε διαφορετικό επίπεδο πληροφοριών. Η ένταξη επισφραγιζόταν με έναν αδιάσπαστο όρκο αφοσίωσης στην πατρίδα και απόλυτης σιωπής. Για να καλλιεργηθεί ο μύθος της υποστήριξης από κάποια μεγάλη ευρωπαϊκή δύναμη (κυρίως τη Ρωσία), η ηγεσία παρέμενε ανώνυμη.
Παρά τις αρχικές οικονομικές και οργανωτικές δυσκολίες, η Φιλική Εταιρεία άρχισε να γιγαντώνεται μετά το 1818. Μεταφέροντας την έδρα της στην Κωνσταντινούπολη και στρατολογώντας «Αποστόλους», απλώθηκε σε ολόκληρη τη Βαλκανική χερσόνησο, προσελκύοντας οπλαρχηγούς, εμπόρους, κληρικούς και διανοούμενους.
Το 1820, η ηγεσία της Εταιρείας προσφέρθηκε στον Αλέξανδρο Υψηλάντη, αξιωματικό του ρωσικού στρατού και υπασπιστή του Τσάρου. Η ανάληψη της αρχηγίας από τον Υψηλάντη έδωσε νέα ώθηση και κύρος στην οργάνωση.
Στις τάξεις της προσχώρησαν ηγετικές φυσιογνωμίες της Επανάστασης, όπως ο Θεόδωρος Κολοκοτρώνης, ο Παπαφλέσσας, ο Γεώργιος Καραϊσκάκης, ο Οδυσσέας Ανδρούτσος, ο Παλαιών Πατρών Γερμανός και ο Γιάννης Μακρυγιάννης.
Ίδρυσε μυστικό ταμείο για την αγορά πολεμοφοδίων, όπλων και πλοίων, βασιζόμενη στις συνδρομές των μελών της. Σχεδίασε το «Γενικόν Σχέδιον», το οποίο προέβλεπε την ταυτόχρονη εξέγερση στη Μολδοβλαχία, την Πελοπόννησο και την Κωνσταντινούπολη.
Τον Φεβρουάριο του 1821, ο αρχηγός της, Αλέξανδρος Υψηλάντης, εισέβαλε στη Μολδοβλαχία κηρύσσοντας την έναρξη του απελευθερωτικού αγώνα. Φιλικοί όπως ο Παπαφλέσσας και ο Θεόδωρος Κολοκοτρώνης προετοίμασαν το έδαφος ώστε η εξέγερση στην Πελοπόννησο να ξεσπάσει τον Μάρτιο του 1821.
Η Φιλική Εταιρεία πέτυχε κάτι μοναδικό: συνένωσε τις κατακερματισμένες δυνάμεις του ελληνισμού κάτω από έναν κοινό σκοπό. Όταν ο Αλέξανδρος Υψηλάντης διάβηκε τον Προύθο τον Φεβρουάριο του 1821, το νερό είχε ήδη μπει στο αυλάκι. Η οργάνωση των Φιλικών αποτέλεσε τη μαγιά για την Επανάσταση του 1821 και τη δημιουργία του νεότερου ελληνικού κράτους.