Γεννήθηκε στην Αθήνα το 1878 και ήταν γιος του Στέφανου Δραγούμη, εξέχοντος πολιτικού και μετέπειτα πρωθυπουργού, και της Ελίζας Κοντογιαννάκη. Η οικογένειά του είχε βαθιές ρίζες στη Μακεδονία (από το Βογατσικό Καστοριάς). Σπούδασε Νομικά στο Πανεπιστήμιο Αθηνών και το 1899 εισήλθε στο διπλωματικό σώμα.
Το 1902 διορίστηκε υποπρόξενος στο Μοναστήρι (σημερινή Μπίτολα). Από τη θέση αυτή, καθώς και από άλλα προξενεία της περιοχής (Σέρρες, Φιλιππούπολη, Θεσσαλονίκη), ανέπτυξε έντονη μυστική δράση για την οργάνωση των ελληνικών πληθυσμών απέναντι στις βουλγαρικές ένοπλες ομάδες και τις οθωμανικές αρχές.
Μαζί με τον γαμπρό του, Παύλο Μελά, υπήρξε από τους κύριους εμψυχωτές του Μακεδονικού Αγώνα. Η δράση του συνέβαλε καθοριστικά στην ίδρυση της «Οργανώσεως Θεσσαλονίκης» και στη συντονισμένη ελληνική αντίσταση στην περιοχή.
Στη συνέχεια υπηρέτησε ως διπλωμάτης στην Κωνσταντινούπολη, τη Ρώμη, το Βερολίνο και την Αγία Πετρούπολη. Το 1915 παραιτήθηκε από το διπλωματικό σώμα για να αναμειχθεί ενεργά στην πολιτική. Εκλέχθηκε βουλευτής Φλώρινας.
Κατά τη διάρκεια του Εθνικού Διχασμού (1915-1917), τάχθηκε με την αντιβενιζελική παράταξη, υποστηρίζοντας την πολιτική της ουδετερότητας της Ελλάδας στον Α΄ Παγκόσμιο Πόλεμο. Το 1917, μετά την επικράτηση του Ελευθερίου Βενιζέλου, εξορίστηκε μαζί με άλλους αντιβενιζελικούς ηγέτες στην Κορσική, από όπου επέστρεψε το 1919.
Στις 31 Ιουλίου 1920 (με το παλαιό ημερολόγιο), μία ημέρα μετά την απόπειρα δολοφονίας του Ελευθερίου Βενιζέλου στο Παρίσι, ο Ίων Δραγούμης συνελήφθη στην Αθήνα από βενιζελικό τάγμα ασφαλείας (τάγμα Παύλου Γύπαρη) και δολοφονήθηκε εν ψυχρώ στη λεωφόρο Βασιλίσσης Σοφίας (στο ύψος που βρίσκεται σήμερα το αναμνηστικό του μνημείο). Η δολοφονία του προκάλεσε σοκ στην ελληνική κοινωνία.
Ο Δραγούμης ανέπτυξε μια ιδιαίτερη ιδεολογική θεωρία που συνδύαζε τον εθνικισμό με τον κοινοτισμό, τον δημοτικισμό και τον αντιαστικό στοχασμό. Πίστευε στην αναγέννηση του ελληνικού έθνους μέσα από τις αυτόνομες τοπικές κοινότητες και την πολιτισμική παράδοση, ενώ διατήρησε μια θυελλώδη προσωπική και πνευματική σχέση με τη συγγραφέα Πηνελόπη Δέλτα.
Τα σημαντικότερα έργα του (γραμμένα με το ψευδώνυμο Ίδας):
Μάρτυρων και Ηρώων Αίμα (1907): Εμπνευσμένο από τον Μακεδονικό Αγώνα και τον θάνατο του Παύλου Μελά, αποτελεί προσκλητήριο εθνικής αφύπνισης.
Σαμοθράκη (1908): Φιλοσοφικό και πολιτικό δοκίμιο για τη φύση του εθνικισμού και της ελευθερίας.
Όσοι Ζωντανοί (1911): Αναστοχασμός πάνω στην ελληνική ταυτότητα, την Κωνσταντινούπολη και το μέλλον του ελληνισμού.
Ο Κοινοτισμός (1927, μεταθανάτια): Η πολιτική του πρόταση για την οργάνωση του κράτους βάσει των παραδοσιακών ελληνικών κοινοτήτων.
Φύλλα Ημερολογίου: Πολύτομο ημερολόγιο που εκδόθηκε μεταθανάτια και προσφέρει πολύτιμες ιστορικές και αυτοβιογραφικές πληροφορίες.
